摘要

  • CellML 的第一档审核看模型是否符合论文中的数学表达，第二档还要检查完整性、一致性和结果复现。
  • 项目文档明确承认：修掉论文中的错误后，模型可能符合第二档，却不再符合第一档。

两颗星，总该包括第一颗吧？2008 年，CellML 模型库给出了一个让评分系统头疼的答案。第一档要求模型中的数学表达与已发表论文一致；第二档要求做更多检查，其中包括复现论文结果。论文一旦印错，这两件好事就可能互相扯后腿。

模型库自己的说明写得很直白：最初版本可能照着论文录入，连错误一起保留；后续版本为了得到正确的复现结果，必须改掉那些地方。于是，显示两颗黄色星的模型，可能达到第二档标准，却不满足第一档。评分的梯子，中间竟能少一级。

论文也得交一份能跑的作业

CellML 用软件可以交换和处理的形式描述生物模型。网上的模型库最初提供语言示例，后来收集从已发表研究中重建的模型。早期维护者手工录入，主要靠眼睛检查数学表达是否与论文相符。

运行工具把检查推进了一步。Catherine Lloyd 在 2008 年 3 月 26 日奥克兰研讨会的演讲原件中介绍了 PCEnv 和 COR。COR 能把数学表达显示成人能读的公式，报告缺失信息、重复定义等问题。维护者再把运行所得曲线与论文图形比较；项目说明把这一步称为定性比较。

查到最后，往往需要给原作者写信。Lloyd 的幻灯片展示了作者回复：有人补上遗漏的参数，有人承认数字标点出错，还有公式项和单位需要更正。维护者索要解释，也尽量取得原始代码。网页前面是一个下载入口，后面坐着一群替论文查账的人。

软件本身也有能力边界。2008 年文档提到，有些模型写成了有效的 CellML，但当时的模拟工具还处理不了所需的方程。网站因而另设与具体模拟器对应的可信程度记录，分别说明能否运行、结果是否大体相符、是否经过严格的定量核对。

星星到底颁给了哪一版？

修订模型会获得版本号，主列表默认打开最新版。这让“文件已经改了，评价还停在原处”成为实际问题。2008 年 7 月的说明指出，部分 CellML 1.1 模型因为旧库结构无法妥善支持，被放进单独文件夹；在那里改动文件，审核状态可能不会跟着更新。临时方案提出，评过级的上传内容保持不动，并保留已被论文引用的路径。

第三颗星也有理想与实际做法的差别。理论上，它要求领域专家检查模型是否满足物理约束。实际记录中，一些模型在原作者接手维护后获得了这一档；项目还希望进一步引入独立专家检查。

模型库让科学出版多了一位难伺候的读者：软件。公式、修订文件和运行结果开始能够沿着网页一起流转。几颗小星星试图概括的，已经是整张编辑部的工单。