Resumen

  • El primer nivel comprobaba la fidelidad a las matemáticas publicadas; el segundo exigía además consistencia, integridad y reproducción de resultados.
  • Una versión corregida podía alcanzar el segundo nivel y apartarse de las ecuaciones exigidas por el primero.

¿Cómo consigue un modelo dos estrellas sin reunir las condiciones de la primera? CellML tenía la respuesta en 2008. Su escala de revisión empezaba por comprobar que las matemáticas coincidieran con el artículo publicado. El segundo nivel añadía pruebas, incluida la reproducción de los resultados. Si el artículo contenía un error, copiarlo y hacerlo funcionar podían ser tareas incompatibles.

La explicación del repositorio reconocía el problema: una primera versión podía reflejar la publicación con sus errores; otra, corregida, podía reproducir los resultados a costa de romper aquella fidelidad. Dos estrellas amarillas podían acreditar el nivel dos sin acreditar el uno. El ascensor de la calidad se saltaba una planta.

Del artículo al botón de ejecutar

CellML describía modelos biológicos en un formato intercambiable y utilizable por programas. La colección web había nacido como conjunto de ejemplos del lenguaje y después reunió modelos reconstruidos a partir de artículos. Al principio se escribían a mano y se cotejaban visualmente con las matemáticas impresas.

Las herramientas cambiaron el trabajo. Catherine Lloyd lo contó en su presentación sobre revisión de modelos durante el taller del 26 de marzo de 2008 en Auckland. PCEnv y COR permitían ejecutarlos e inspeccionarlos. COR mostraba las expresiones matemáticas de forma legible y señalaba información ausente o definiciones redundantes. Luego se comparaban las curvas simuladas con las figuras publicadas, mediante un procedimiento que el repositorio describía como cualitativo.

A menudo había que escribir al autor. Las diapositivas reproducían respuestas que reconocían parámetros omitidos, un error de puntuación en una cifra, términos incorrectos y unidades intercambiadas. El equipo pedía aclaraciones y, cuando podía, el código original. El enlace de descarga tenía detrás bastante más correspondencia de la que sugería su tamaño.

También importaba el programa de ejecución. La documentación de 2008 describía modelos válidos en CellML cuyas ecuaciones superaban las capacidades de los simuladores disponibles. Por eso había otro registro de confianza para cada simulador: si el modelo funcionaba allí y con qué grado de coincidencia respecto a los resultados publicados.

La estrella necesita una versión

Las revisiones recibían números de versión, mientras que el listado principal abría por defecto la más reciente. En julio de 2008, la documentación señaló un problema concreto: ciertos modelos CellML 1.1 se alojaban en una carpeta separada porque la estructura antigua del repositorio no los admitía adecuadamente. Una edición podía dejar intacto el estado de revisión. La solución provisional propuesta era conservar sin cambios los archivos evaluados y mantener las rutas citadas en publicaciones.

El tercer nivel también tenía tareas pendientes. Su definición ideal pedía una comprobación de restricciones físicas por especialistas. En la práctica descrita, algunos modelos recibían ese nivel cuando su autor se hacía cargo de revisarlos; la comprobación independiente seguía siendo un objetivo adicional.

La web había añadido un lector exigente al artículo: el software. Una ecuación corregida, una versión ejecutable y un resultado podían circular juntos. Las estrellas intentaban contar toda esa historia con el vocabulario de una reserva de hotel.