Résumé

  • Le premier niveau de curation récompensait l’accord avec les mathématiques publiées ; le deuxième vérifiait aussi le fonctionnement et les résultats.
  • Le dépôt expliquait qu’une correction pouvait satisfaire le deuxième niveau tout en rompant la fidélité exigée par le premier.

Deux étoiles devraient inclure la première. En 2008, CellML avait une excellente raison de compliquer cette arithmétique. Son premier niveau de curation indiquait que les mathématiques du modèle correspondaient à celles de l’article publié. Le deuxième demandait notamment de retrouver les résultats. Une faute dans l’article pouvait rendre les deux objectifs incompatibles.

Le texte du dépôt l’expliquait sans détour : une première version pouvait reproduire la publication, erreurs comprises ; une version corrigée pouvait ensuite obtenir les résultats attendus en s’écartant des équations imprimées. Deux étoiles jaunes pouvaient donc signaler le niveau deux sans satisfaire le niveau un. Voilà un classement qui aurait embarrassé un hôtelier.

La publication passe à l’exécution

CellML permettait de décrire des modèles biologiques sous une forme échangeable et exploitable par des logiciels. La collection en ligne avait commencé par des exemples du langage avant de rassembler des modèles reconstruits à partir d’articles. Les premières vérifications consistaient surtout à comparer visuellement le texte saisi avec les mathématiques publiées.

Les outils ont rendu l’examen plus exigeant. Dans sa présentation sur la curation, donnée à Auckland le 26 mars 2008, Catherine Lloyd décrivait le recours à PCEnv et COR. COR affichait les expressions mathématiques sous une forme lisible et signalait notamment informations manquantes et définitions redondantes. Les résultats des simulations étaient ensuite confrontés aux figures de l’article, selon une comparaison que la documentation qualifiait de qualitative.

Le travail finissait parfois dans la boîte aux lettres de l’auteur. Les diapositives de Lloyd reproduisaient des réponses reconnaissant un paramètre oublié, une erreur de ponctuation dans une valeur, des termes d’équation incorrects ou des unités inversées. Les responsables du dépôt demandaient des précisions et, si possible, le code original. Derrière le lien de téléchargement, il fallait encore faire le métier d’éditeur.

L’environnement d’exécution avait également sa part. La documentation de 2008 décrivait des modèles valides en CellML dont les équations dépassaient les capacités des outils disponibles. Le site suivait donc aussi la confiance accordée à l’exécution dans chaque simulateur : démarrage du modèle, rapprochement qualitatif des résultats, puis vérification quantitative.

Une note pour quel fichier ?

Les corrections recevaient des numéros de version ; la liste principale ouvrait par défaut la plus récente. Le statut affiché devait donc rester associé au bon état du modèle. Un passage daté de juillet 2008 relevait une difficulté concrète : certains modèles CellML 1.1 étaient déposés dans un dossier séparé, faute de prise en charge adaptée. Une modification pouvait y laisser la note de curation inchangée. Le dispositif provisoire proposé consistait à conserver les dépôts évalués sans les modifier et à préserver les chemins cités dans les publications.

La troisième étoile restait elle aussi un chantier. L’objectif théorique était un contrôle des contraintes physiques par un spécialiste. Dans la pratique décrite, certains modèles obtenaient ce niveau lorsque leur auteur reprenait la curation ; une expertise indépendante restait une ambition supplémentaire.

Le dépôt avait donné au lecteur un moyen de passer de l’article au programme, puis au résultat. Ses étoiles essayaient de résumer toutes les interventions nécessaires. C’était beaucoup de science à faire tenir dans une poignée de pixels.